买房合同的补充协议是可以修改的。补充协议是商品房买卖合同的重要组成部分，按照规定，当补充协议的条款与商品房买卖合同发生冲突时，以补充协议约定为准。
在签订《商品房买卖合同》时，一般情况下，一些基本信息是不能改动的，但合同条款中双方所填写的内容中权利与义务是需要双方协商的。您如果看到合同中的空白处已经填写好，那是开发商自己填写的，开发商提供的印制好的补充协议也是开发商自己写的，这些仅代表开发商一方的意愿,购房人可以接受，也可以不接受。开发商和购房人都有权对示范文本条款的内容进行修改、增补或删减，房地产商可以在《合同》中对填空做出选择，可以写补充协议，购房人也同样有权利要求对填空重新选择，要求采用自己写的补充协议或双方协商一致的补充协议。
1、物业管理问题要写清
如果是购买新房的话，在签订购房合同的时候还需要签订一份物业管理合同，而在补充协议里面应该把物业管理问题写清，通常新小区前期都是由开发商指定物业进行合作，或者自己有物业公司进驻，但无论怎样，购房者都要写清物业公司、资质、物业费的缴纳标准等。
2、公摊面积要写清
购房者在了解房屋情况的时候会询问公摊面积，但是有的开发商不会给购房者一个具体的公摊数据，只会模棱两可的给出一个数字，并且不会明确写入购房合同，后期却很有可能在这上面做手脚。但是由于公摊面积的大小和位置实际上属于购房者需要用钱买来的隐性面积，所以购房者最好能在购房补充协议中约定清楚公摊面积的具体大小和位置，而且还要注明如果公摊发生变更的情况，该如何解决，避免日后因此而发生购房纠纷。
3、退房责任
购房者想要退房的情况时有发生，补充协议里面应该对退房的责任进行约束，如果是因为开发商的原因想要退房的话，必须写明开发商是什么样的责任，写名在确定的日期内把开发商退还，甚至包括银行的利息、罚金等。
4、房屋产权的办理时间
购买房屋之后，购房者需要办理房屋产权证，而有些开发商拖延办理房产证的时间，并且购房合同里没有说多长时间能把产权证办下来，所以需要在补充协议里约定。如果后期因为开发商的原因导致房屋产权无法如期办理，就可依法追究其责任。
商品房补充协议是不违法的，只要双方协商一致，没有违反法律法规的内容而签订的补充协议，都是具有法律效力的。补充协议是能够修改的，需要写清物业管理的问题、公摊面积的问题、产权办理的时间。
一、商品房补充协议违法吗
商品房补充协议不违法，只要是双方自愿签署的，没有强迫的情况，协议内容符合法律法规，协议就有法律效力。《民法典》规定依法成立的合同，自成立时生效。法律、行政法规规定应当办理批准、登记等手续生效的，依照其规定。当事人对合同的效力可以约定附条件。附生效条件的合同，自条件成就时生效。附解除条件的合同，自条件成就时失效。法律快车提醒您，当事人为自己的利益不正当地阻止条件成就的，视为条件已成就；不正当地促成条件成就的，视为条件不成就。当事人对合同的效力可以约定附期限。附生效期限的合同，自期限届至时生效。附终止期限的合同，自期限届满时失效。
二、商品房补充协议是否可以修改
商品房买卖合同补充协议可以修改。补充协议的内容包括以下几点：
1.物业管理问题要写清；
2.公摊面积要写清；
3.退房责任；
4.房屋产权的办理时间。
购买房屋之后，购房者需要办理房屋产权证，而有些开发商拖延办理房产证的时间，并且购房合同里没有说多长时间能把产权证办下来，需要在补充协议里约定。
法律依据：《中华人民共和国民法典》第五百九十六条 买卖合同的内容一般包括标的物的名称、数量、质量、价款、履行期限、履行地点和方式、包装方式、检验标准和方法、结算方式、合同使用的文字及其效力等条款。
三、商品房补充协议丢了怎么办
商品房补充协议丢了是需要去联系开发商补办。购房合同一般在开发商、银行、房管局和你个人手里都有一份的，如果你的合同丢了，你最好抓紧时间登报，带着刊登遗失声明的报纸去找开发商，他们会给你补办的。
根据《城市商品房销售管理办法》的规定，商品房预售，开发经营企业应当与购房人签订商品房预售合同，预售人应当在签约之日起30日内到上述两部门办理登记备案手续。如果已办理产权登记，自然也就不必担心因丢失合同和收据所造成的隐患。
签了购房合同可以变更。当事人协商一致，可以变更合同。对本合同中未约定或约定不明的内容，双方可根据具体情况签订书面补充协议。补充协议中含有不合理的减轻或免除本合同中约定应当由出卖人承担的责任，或不合理的加重买受人责任、排除买受人主要权利内容的，仍以本合同为准。
【法律依据】
《民典法》第五百四十三条，当事人协商一致，可以变更合同。
