如果该补充协议是双方当事人的真实意思表示，并且该协议内容合法的，则该协议有法律效力。合同生效后，当事人就质量、价款、报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同有关条款或者交易习惯确定。
1、不动产权证办理时间
在购房合同中，一般是不会写明办理不动产权证的时间的，大多数开发商都是在交房1-2年后办理。如果购房者对于拿到不动产权证的问题比较着急，最好能在补充协议中约定办理不动产权证的具体日期，为防开发商违约，还要注明相关赔偿责任，如在约定期限内，开发商没能办理房屋的不动产权证书，应按约定对购房者进行赔偿事宜。另外，如果因开发商原因导致产权证无法办理，开发商应承担相应责任并赔偿损失。
2、明确公摊面积
很多开发商在购房者咨询公摊面积的时候，只会给出一个大概的数字，并且不会明确写入购房合同，后期却很有可能在这上面做手脚。但由于公摊面积的大小和位置实际上属于购房者需要用钱买来的隐性面积，所以购房者最好能在购房补充协议中约定清楚公摊面积的具体大小和位置，而且还要注明如果公摊发生变更的情况，该如何解决，避免日后因此而发生购房纠纷。
3、交房标准
关于交房标准这一点，毛坯房的要求一般都是最基本的质量问题；装修房则需要格外注意，最好能在补充协议中明确到装修材料的品牌、型号、颜色、材质等等，尽可能避免名牌、高级等含糊不清的词汇。还有一点，如果可以的话，尽量和开发商约定一下进行隐蔽工程装修的时候，在覆盖之前，最好能通知购房者到现场去检查验收，签字确认后再进行下一步。
4、开发商口头做出的重要承诺
补充协议里面应该注明开发商的口头承诺，开发商在卖房时，为了吸引购房者的注意会推出各种促销活动，也会有各种承诺，比如赠送面积、学校、停车位等等。但口头承诺并不具备效力，那些影响买房决策的重要承诺，建议白纸黑字写进协议。
只要是双方自愿签署的，没有强迫的情况，协议内容没有违反法律相关规定，那协议就是有效的。
《民法典》第五百零二条 依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。
依照法律、行政法规的规定，合同应当办理批准等手续的，依照其规定。未办理批准等手续影响合同生效的，不影响合同中履行报批等义务条款以及相关条款的效力。应当办理申请批准等手续的当事人未履行义务的，对方可以请求其承担违反该义务的责任。
依照法律、行政法规的规定，合同的变更、转让、解除等情形应当办理批准等手续的，适用前款规定。
购房合同里的补充协议满足下列条件是有效的：当事人具有相应民事行为能力人；当事人意思表示真实；补充协议的内容不违反法律或行政法规的强制性规定；法定其他有效条件等。
【法律依据】
《民法典》第一百四十三条
具备下列条件的民事法律行为有效：
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
第四百六十九条
当事人订立合同，可以采用书面形式、口头形式或者其他形式。
书面形式是合同书、信件、电报、电传、传真等可以有形地表现所载内容的形式。
以电子数据交换、电子邮件等方式能够有形地表现所载内容，并可以随时调取查用的数据电文，视为书面形式。
第五百一十条
合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。
