提取rna 过程中,乙醇没有除干净,对后续试验有没有影响,有没有什么补救措施
如果提取血液里面的小RNA那没有条带是正常的,因为小RNA没有结合EB的结构,所以电泳看不到什么东西。其次,如果提取细胞总RNA的话,但不排除EB有问题,仪器是可以分辨RNA降解的。
在匀质化或溶解样品中,Trizol试剂可保持RNA的完整性,同时能破坏细胞及溶解细胞成分。加入氯仿离心后,裂解液分层成水相和有机相。RNA存在于水相中。
水相转移后,RNA通过异丙醇沉淀回收。移去水相后,用乙醇可从中间相沉淀得到DNA,加入异丙醇沉淀可从有机相得到蛋白质。
扩展资料:
抽提RNA的使用目的
RNA用于不同的后续实验,其质量要求不尽相同。
cDNA文库构建要求RNA完整而无酶反应抑制物残留;
Northern对RNA完整性要求较高,对酶反应抑制物残留要求较低;
科学家在研究RNA的转录后加工时发现某些RNA有催化活性,可以催化RNA的剪接,这些由活细胞合成、起催化作用的RNA称为核酶。许多核酶的底物也是RNA,甚至就是其自身,其催化反应也具有专一性。
已经阐明的天然核酶有锤头状核酶、发夹状核酶、I型内含子、Ⅱ型内含子、丁型肝炎病毒核酶、核糖核酸酶P、肽基转移酶等。如何评价核酶的理论意义与实际意义,如何看待核酶与传统意义上的酶在代谢中的地位,都有待进一步研究。
用Trizol法沉淀RNA容易有一些杂质的。部分色素是会和RNA一起沉下来。这种情况可以用75%冷的乙醇多洗几遍。对后续qRT-PCR多数情况下没什么影响。
另外可以用硅胶柱法纯化RNA,色素残留会少一些。
RNase 污染的10大来源
1:手指头 – 手指头是外源酶的第一来源,所以必需戴手套并且频繁更换。另外,口罩也必需戴,因为呼吸也是一个重要的酶来源。戴手套口罩的另外的好处是保护实验人员。
2:枪头,离心管,移液器 单纯的灭菌是不能灭活RNase的,所以枪头和离心管要用DEPC处理,即使是标明为DEPC处理过的。移液器最好是专用的,用前用75%的酒精棉球搽拭干净,尤其是杆子;另外,一定不要使用褪头器。
3:水/缓冲液 一定要确保无RNase污染。
4:实验台面最起码要用 75% 的酒精棉球搽拭干净。
5:内源 Rnase 所有组织均含内源酶,故组织用液氮速冻是降低降解的最好办法。液氮保存/碾磨方法的确不方便,但对有一些内源酶含量很高的组织,却是唯一的办法。
6:RNA 样品 RNA抽提产物可能都会含痕量的RNase污染。
7:质粒抽提 质粒抽提往往用到RNase降解RNA,残留的RNase要用 Proteinase K 消化,PCI 抽提。
8:RNA 保存 即使低温保存,痕量的RNase亦会导致RNA降解。长期保存RNA的最好办法是盐/醇悬液,因为醇在低温时抑制所有的酶活性。
9:阳离子 (Ca, Mg) 在含这些离子时,80℃加热5分钟会导致RNA被剪切,故如果RNA需要被加热,保存液需要含螯合剂(1mM Sodium Citrate, pH 6.4)。
10:后续实验所用的酶 酶均有可能被Rnase污染。
如何去除RNA提取过程中的蛋白质污染
提取RNA时如何去除DNA的污染的方法:
注意实验室的标准化问题,注意污染的存在,同时严格按照说明书上的操作应该没有
问题。发现DNA污染,用DNAse I 消化1小时,37度
离心取上清的时候,一定要小心不要取到中间的膜和下面的液体。
直接加NaOH溶液与提取液混合搅拌,然后离心就可以了.因为RNA可溶于NaOH溶液,而DNA不可溶,离心后的上清液就不含有DNA了。
RNA提取步骤:
1. 匀浆处理:
① 组织 将组织在液氮中磨碎,每50-100mg组织加入1ml TRIzol,用匀浆仪进行匀浆处理。样品体积不应超过TRIzol体积10%。
② 单层培养细胞 直接在培养板中加入TRIzol裂解细胞,每10cm2面积(即3.5cm直径的培养板)加1ml,用移液器吸打几次。TRIzol的用量应根据培养板面积而定,不取决于细胞数。TRIzol加量不足可能导致提取的RNA有DNA污染。
③ 细胞悬液 离心收集细胞,每5-10×106 动物、植物、酵母细胞或1×107细菌细胞加入1ml TRIzol,反复吸打。加TRIzol之前不要洗涤细胞以免mRNA降解。一些酵母和细菌细胞需用匀浆仪处理。
2. 将匀浆样品在室温(15-30℃)放置5分钟,使核酸蛋白复合物完全分离。
3. 可选步骤:如样品中含有较多蛋白质,脂肪,多糖或胞外物质(肌肉,植物结节部分等)可于2-8℃10000×g离心10分钟,取上清。离心得到的沉淀中包括细胞外膜,多糖,高分子量DNA,上清中含有RNA。处理脂肪组织时,上层有大量油脂应去除。取澄清的匀浆液进行下一步操作。
4. 每使用1ml TRIzol加入0.2ml氯仿,剧烈振荡15秒,室温放置3分钟。
5. 2-8℃10000×g离心15分钟。样品分为三层:底层为黄色有机相,上层为无色水相和一个中间层。RNA主要在水相中,水相体积约为所用TRIzol试剂的60%。
6. 把水相转移到新管中,如要分离DNA和蛋白质可保留有机相,进一步操作见后。用异丙醇沉淀水相中的RNA。每使用1ml TRIzol加入0.5ml异丙醇,室温放置10分钟。
7. 2-8℃10000×g离心10分钟,离心前看不出RNA沉淀,离心后在管侧和管底出现胶状沉淀。移去上清。
8. 用75%乙醇洗涤RNA沉淀。每使用1ml TRIzol至少加1ml 75%乙醇。2-8℃不超过7500×g离心5分钟,弃上清。
9. 室温放置干燥或真空抽干RNA沉淀,大约晾5-10分钟即可。不要真空离心干燥,过于干燥会导致RNA的溶解性大大降低。加入25-200μl无RNase的水或0.5%SDS,用枪头吸打几次,55-60℃放置10分钟使RNA溶解。如RNA用于酶切反应,勿使用SDS溶液。RNA也可用100%的去离子甲酰胺溶解,-70℃保存。
注意事项:
从少量样品(1-10mg组织或102-104细胞)中提取RNA时可加入少许糖原以促进RNA沉淀。例如加800ml TRIzol匀浆样品,沉淀RNA前加5-10μg RNase-free糖原。糖原会与RNA一同沉淀出来,糖原浓度不高于4mg/ml是不影响第一链的合成,也不影响PCR反应。
匀浆后加氯仿之前样品可以在-60至-70℃保存至少一个月。RNA沉淀可以保存于75% 酒精中2-8℃一星期以上或-5至-20℃一年以上。
分层和RNA沉淀时也可使用台式离心机,2600×g离心30-60分钟。
预期产量:1mg组织或1×106细胞提取RNA分别为:
肝和脾6-10μg,肾3-4μg,骨骼肌和脑组织1-1.5μg,胎盘1-4μg,上皮细胞8-15μg,成纤维细胞5-7μg 。
乙醇建议完全干燥,建议用GNT系列的试剂盒操作,乙醇很快就干燥了。
离心柱漂洗完成后,尽可能烘干柱膜上残留乙醇,残留乙醇会影响洗脱效率和下游实验效果。