二甲苯青电泳中的大小
大小为538.611。二甲苯青是核酸电泳常用的指示剂,根据其迁移情况,推断样品的电泳进程,决定电泳时间。其水溶液呈蓝色,分子量为554.6,在1%和1.4%琼脂糖凝胶中电泳时,其迁移率分别与2kb和 1.6kb的双链线性DNA大致相似。
loading buffer 里一般有两个指示剂。一个是溴酚蓝,一个二甲苯青,在琼
脂糖浓度为1%-5%时,两者的电泳速度基本恒定。溴酚蓝的速度相当于300bp的
条带,二甲苯青指示4000bp的条带。电泳时,看到一前一后的蓝带和青带既是
这两个指示剂。
二苯胺和抗坏血酸显色后出现的就是同功酶的条带了,这是利用酶的催化作用产生的颜色,其他蛋白不会显示出来.
溴酚蓝指示的条带不水平,可能原因很多,比如胶聚合不均匀,电泳电压过大,样品或点样缓冲液有问题等等都有可能.
这种问题真的不好直接用文字回答你。首先你要搞明白为什么要电泳,电泳的目的是什么。我不知道你有没有亲自做过电泳,首先希望你先查询下如何DNA电泳。在DNA电泳前,
在需要电泳的DNA溶液里加上loading buffer,目的是在电泳时可以看到指示带,有两条:跑在前面的蓝色条带是溴酚蓝,位置大约相当于300bp的DNA,后面的绿色条带是二甲苯青FF,相当于4000bp左右大小DNA的位置。
2. 在制备琼脂糖胶时,需要加入EB,EB可以与DNA结合,在紫外灯下显示DNA位置,也就是你说的白色条带。
3. 现在有些实验室用一些新型染料(EB有毒),可以用蓝光而不是紫外观察条带,这个时候看到的DNA条带其实是淡蓝色的,不是白色的。
不知道你明白没有? 我要看文献了,下午老板要找我谈话。。。。。
1.溶液Ⅰ:50mM葡萄糖,25mM Tris-HCl(pH 8.0),10mM EDTA(pH 8.0).1M Tris-HCl(pH 8.0)12.5ml,0.5M EDTA(pH 8.0)10ml,葡萄糖4.730g,加ddH2O至500ml.在10 lbf/in2高压灭菌15min ,贮存于4℃.
2.溶液Ⅱ:0.2N NaOH,1% SDS.2N NaOH 1ml,10%SDS 1ml,加ddH2O至10ml.使用前临时配置.
3.溶液Ⅲ:醋酸钾(KAc)缓冲液,pH 4.8.5M KAc 300ml,冰醋酸 57.5ml,加ddH2O至500ml.4℃保存备用.
4.TE:10mM Tris-HCl(pH 8.0),1mM EDTA(pH 8.0).1M Tris-HCl(pH 8.0)1ml,0.5M EDTA(pH 8.0)0.2ml,加ddH2O至100ml.15 lbf/in2高压湿热灭菌20min,4℃保存备用.
5.苯酚/氯仿/异戊醇(25:24:1)
6.乙醇(无水乙醇、70%乙醇)
7.5×TBE:Tris 碱54g,硼酸27.5g,EDTA-Na2·2H2O 4.65g,加ddH2O 至1000ml.15 lbf/in2高压湿热灭菌20min,4℃保存备用.
8.溴化乙锭(EB):10mg/ml
9.RNase A(RNA酶A):不含DNA酶(DNase-free) RNase A的10mg/ml,TE配制,沸水加热15min,分装后贮存于-20℃.
10.6×loading buffer(上样缓冲液):0.25%溴酚蓝,0.25%二甲苯青FF,40%(W/V)蔗糖水溶液.
11.1% 琼脂糖凝胶:称取1g琼脂糖于三角烧瓶中,加100ml 0.5×TBE,微波炉加热至完全溶化,冷却至60℃左右,加EB母液(10mg/ml)至终浓度0.5μg/ml(注意:EB为强诱变剂,操作时带手套),轻轻摇匀.缓缓倒入架有梳子的电泳胶板中,勿使有气泡,静置冷却30min以上,轻轻拔出梳子,放入电泳槽中(电泳缓冲液0.5×TBE),即可上样.
溴酚蓝在琼脂糖中的泳动速率约与长300bp的双链线状dna相同,而二甲苯青ff的泳动则与长4kb的双链线状dna相同。
希望能够对你有所帮助。