CTAB的作用?
CTAB是一种去污剂,可溶解细胞膜,它能与核酸形成复合物,在高盐溶液中((0.7 mol/L NaCl)是可溶的,当降低溶液盐浓度到一定程度(0.3 mol/L NaCl)时,从溶液中沉淀,通过离心就可将CTAB-核酸的复合物与蛋白,多糖类物质分开。最后通过乙醇或异丙醇沉淀DNA,而CTAB溶于乙醇或异丙醇而除去。
步骤
(1) 2%CTAB抽提缓冲液在65℃水浴中预热。
(2)取少量实验材料(约300mg)置于研钵中,用液氮磨至粉状。
(3) 加入700ul的2%CTAB抽提缓冲液,轻轻搅动。
(4) 将磨碎液分倒入1.5 ml的灭菌离心管中,磨碎液的高度约占管的三分之二。
(5)置于65℃的水浴槽或恒温箱中,每隔10 min轻轻摇动,30~60min后取出。
(6)冷却2 min后,加入氯仿-异戊醇(24:1)至满管,剧烈振荡2~3 min(若提取的是总基因组,则不能剧烈震荡。),使两者混合均匀。
(7)放入离心机中10 000 rpm离心10 min,与此同时,将600 ul的异丙醇加入另一新的灭菌离心管中。
(8) 10 000 rpm离心1 min后,移液器轻轻地吸取上清夜,转入含有异丙醇的离心管内,将离心管慢慢上下摇动30 sec,使异丙醇与水层充分混合至能见到DNA絮状物。
(9)10000 rpm离心1 min后,立即倒掉液体,注意勿将白色DNA沉淀倒出,将离心管倒立于铺开的纸巾上。
(10)60 sec后,直立离心管,加入720ul的75%乙醇及80 ul 5 M的醋酸钠,轻轻转动,用手指弹管尖,使沉淀与管底的DNA块状物浮游于液体中。
(11)放置30 min,使DNA块状物的不纯物溶解。
(12)10000 rpm离心1 min后,倒掉液体,再加入800 ul 75%的乙醇,将DNA再洗 30 min。
(13)10000 rpm离心30 sec后,立即倒掉液体,将离心管倒立于铺开的纸巾上;数分钟后,直立离心管,干燥DNA(自然风干或用风筒吹干)。
(14)加入50 ul 0.5 × TE(含RNase)缓冲液,使DNA溶解,置于37℃恒温箱约15 h,使RNA消解。
以上内容参考 百度百科-CTAB法
《转的》
CTAB
(hexadecyltrimethylammonium
bromide,十六烷基三甲基溴化铵),是一种阳离子去污剂,具有从低离子强度溶液中沉淀核酸与酸性多聚糖的特性。在高离子强度的溶液中(>0.7mol/L
NaCl),CTAB与蛋白质和多聚糖形成复合物,只是不能沉淀核酸.通过有机溶剂抽提,去除蛋白、多糖、酚类等杂质后加入乙醇沉淀即可使核酸分离出来。
注:CTAB溶液在低于15℃
时会形成沉淀析出,因此,在将其加入冰冷的植物材料之前必须预热,且离心时温度不要低于15℃。
一、CTAB提取缓冲液的经典配方:
Tris-HCl
(pH8.0)提供一个缓冲环境,防止核酸被破坏
EDTA螯合Mg2+或Mn2+离子,抑制DNase活性
NaCl
提供一个高盐环境,使DNP充分溶解,存在于液相中
CTAB溶解细胞膜,并结合核酸,使核酸便于分离
β-巯基乙醇是抗氧化剂,有效地防止酚氧化成醌,避免褐变,使酚容易去除。
二、CTAB提取缓冲液的改进配方:
(1)
PVP(聚乙烯吡咯烷酮)是酚的络合物,能与多酚形成一种不溶的络合物质,有效去除多酚,减少DNA中酚的污染同时它也能和多糖结合,有效去除多糖
(2)
蛋白质的去除:酚/氯仿抽提使用变性剂变性(SDS、异硫氰酸胍等)高盐洗涤蛋白酶处理核酸分离,纯化
(3)多糖的去除:高盐法:用乙醇沉淀时,在待沉淀溶液中加入1/2体积的5M
NaCl,高盐可溶解多糖。用多糖水解酶将多糖降解。在提取缓冲液中加一定量的氯苯(1/2体积),氯苯可以与多糖的羟基作用,从而去除多糖。用PEG8000代替乙醇沉淀DNA:在500
μL
DNA液中加入200μl
20%
PEG8000
(含1.2
M
NaCl),冰浴20min.核酸分离,纯化
(4)
多酚的去除:在抽提液中加入防止酚类氧化的试剂:β-巯基乙醇、抗坏血酸、半胱氨酸、二硫苏糖醇等加入易与酚类结合的试剂:如PVP(聚乙烯吡咯酮),PEG(聚乙二醇),它们与酚类有较强的亲和力,可防止酚类与DNA的结合
(5)
盐离子的去除:70%的乙醇洗涤核酸吸附,沉淀和溶解使用合适的吸附材料吸附核酸,其它的杂质均被洗掉,达到纯化DNA的目的另一种方式加入1/10体积的NaAc(pH5.2,3M),用预冷的乙醇或异丙醇沉淀RNA吸附或沉淀后应用70%的乙醇洗涤,以除去盐离子等若长期储存建议使用TE缓冲液溶解TE中的EDTA能螯合Mg2+或Mn2+离子,抑制DNasepH值为8.0,可防止DNA发生酸解。
三、基因组DNA提取常见问题
DNA中含有蛋白、多糖、多酚类杂质。DNA在溶解前,有酒精残留,酒精抑制后续酶解反应,DNA中残留有金属离子,有RNA的存留。对策:重新纯化DNA,去除蛋白、多糖、多酚等杂质,重新沉淀DNA,让酒精充分挥发,增加70%乙醇洗涤的次数(2-3次),加入RNase降解RNA。
(1)DNA样品不纯,抑制后续酶解和PCR反应。DNA提取常见问题:材料不新鲜或反复冻融、未很好抑制内源核酸酶的活性、提取过程操作过于剧烈,DNA被机械打断,外源核酸酶污染反复冻融。尽量取新鲜材料,低温保存材料避免反复冻融,液氮研磨或匀浆组织后,应在解冻前加入裂解缓冲液。在提取内源核酸酶含量丰富的材料的DNA时,可增加裂解液中螯合剂的含量,细胞裂解后的后续操作应尽量轻柔。所有试剂用无菌水配制,耗材经高温灭菌。将DNA分装保存于缓冲液中,避免反复冻融。
(2)DNA降解,DNA提取常见问题。实验材料不佳或量少,破壁或裂解不充分,吸附或沉淀不完全,洗涤时DNA丢失。尽量选用新鲜(幼嫩)的材料,动植物要匀浆研磨充分G+菌,酵母裂解前先用生物酶或机械方式破壁。高温裂解时,时间适当延长(对于动物细胞,细菌可增加PK的用量)。增加吸附的时间、或低温沉淀小心操作。
Tris-HCl (pH8.0)提供一个缓冲环境,防止核酸被破坏。
EDTA螯合Mg2+或Mn2+离子,抑制DNase活性。
NaCl 提供一个高盐环境,使DNP充分溶解,存在于液相中。
Cβ-巯基乙醇是抗氧化剂,有效地防止酚氧化成醌,避免褐变,使酚容易去除基因组DNA。CTAB 4g
NaCl 16.364 g。
1M Tris-HCl 20ml( PH8.0)。。
0.5M EDTA 8ml,先用70ml ddH2O溶解, 再定容至200ml灭菌。
冷却后0.2-1% 2-巯基乙醇(400ul)氯仿-异戊醇(24:1):先加96ml氯仿,再加4ml异戊醇,摇匀即可。
扩展资料:
适当的加一下热,比如50度或者60度,可以快速溶解,般这个温度对试剂的品质没有什么影响如果不是浓度太高的话。
如果浓度太高,可能冷却后又会沉淀析出来。
在高离子强度的溶液中(>0.7mol/L NaCl) CTAB与蛋白质和多聚糖形成复合物而不沉淀核酸。通过有机溶剂抽提,去除蛋白、多糖、酚类等杂质后加入乙醇沉淀即可使核酸分离出来。
2×CTAB提取缓冲液成分:2%(w/v)CTAB,100mM Tris (pH 8.0),20mM EDTA,1.4 MNaCl,,0.2%(v/v) 还原剂(随用随加) 。
参考资料来源:百度百科——十六烷基三甲基溴化铵
2.65℃水浴,45min,期间颠倒数次。
3.加入Tris饱和酚/氯仿(1:1),颠倒混匀5min;12000rpm 离心10min
4.取上清(约500ul)于新的离心管中,加入等体积的氯仿/异戊醇(24:1),充分混匀。
5.12000rpm,10min;取上清,加入1ml -20℃预冷的无水乙醇,置于-20℃,30-40min。
6.12000rpm,10min;弃上清,加入500ul ddH2O 溶解沉淀。
7.加入120ul 浓度为100ug/ml 的RNase,使终浓度为20ug/ml,混匀,室温放置10min。
8.将上述DNA溶液加入到纯化柱子,静置5分钟,12000rpm离心,2min,收集溶液。
9.向离心后的液体中,加入25ul 3M NaAC(pH5.2)和525ul 异丙醇,混匀室温放置5min。
10.12000rpm,8min,弃上清,用70%乙醇洗涤两遍沉淀。
11.去除干净多余的乙醇,用100ul ddH2O溶解。
12.置于-20℃,保存。
2xCTAB提取液(含0.2%的β-巯基乙醇):CTAB-2g;NaCl-8.18g;EDTA0.74g 1M Tris-HCl 10ml(pH8.0);200ul β-巯基乙醇。
3M 醋酸钠:40.8g 三水醋酸钠,加入40ml ddH2O 溶解,用冰醋酸调到pH5.2,最后定容到100ml。
或
NaAc,Na+中和DNA分子上的负电荷,减少DNA分子之间的同性电荷相斥力,而易于聚集沉淀。
http://wenku.baidu.com/view/b622001e650e52ea55189866.html
提取DNA配方
CTAB为十六烷基三甲基溴化铵,
CTAB提取缓冲液的经典配方
Tris-HCl (pH8.0)提供一个缓冲环境,防止核酸被破坏;
EDTA螯合Mg2+或Mn2+离子,抑制DNase活性;
NaCl 提供一个高盐环境,使DNP充分溶解,存在于液相中;
Cβ-巯基乙醇是抗氧化剂,有效地防止酚氧化成醌,避免褐变,使酚容易去除基因组DNA。
CTAB 4g
NaCl 16.364 g
1M Tris-HCl 20ml( PH8.0)
0.5M EDTA 8ml,先用70ml ddH2O溶解, 再定容至200ml灭菌
冷却后0.2-1% 2-巯基乙醇(400ul)氯仿-异戊醇(24:1):先加96ml氯仿,再加4ml异戊醇,摇匀即可。
提取RNA配方
2% CTAB(W/V)
2% 聚乙烯吡咯烷酮PVP(W/V)
100 mM Tris-HCl(pH8.0,DEPC处理的水配置)
25mM EDTA
0.5g/L 亚精胺Spermidine
2.0M NaCl,2%巯基乙醇(V/V,使用前加入)
由于在高温灭菌条件下,Tris-HCl要和DEPC发生反应,所以配RNA提取缓冲液时直接用DEPC 处理的水配制即可。
晚上好,稀释CTAB的良溶剂是纯水,也可以溶于极性质子溶剂比如甲醇、乙醇和IPA,微溶于乙二醇醚和丙二醇醚。配置3%的CTAB就是3克CTAB+97克纯水或者IPA即可,需要注意的是CTAB是阳离子弱酸性表面活性剂,它与水互溶时要提前除去硬水成份防止缔合沉淀,请小试并酌情参考。
Tris-HCl (pH8.0)提供一个缓冲环境,防止核酸被破坏;EDTA结合Mg2+或Mn2+离子,抑制DNase活性;NaCl 提供一个高盐环境,使DNP充分溶解,在于液相中; CTAB溶解细胞膜,并结合核酸,使核酸便于分离;
β-巯基乙醇是抗氧化剂,有效地防止酚氧化成醌,避免褐变,使酚容易去除。这些成份虽然对皮肤有灼伤作用,但程度不会很大,如果溅到皮肤上,用清水冲洗即可,不会严重伤害皮肤。