纯化dna的方法有哪些
纯化DNA的常用方法是用酚抽提-乙醇沉淀法,适用于普通实验室操作。它通过交替使用苯酚、氯仿两种不同的蛋白质变性剂,可以增加去除蛋白质杂质的效果;氯仿可以去除核酸溶液中的微量酚,还可以加快有机相与液相混合,去除色素和蔗糖;在氯仿中加入少量的异戊醇可以减少蛋白质变性操作过程中产生的气泡。【实验材料】待纯化的DNA溶液。【实验仪器】高压灭菌锅,涡旋混匀器,台式高速冷冻离心机【试剂配制】1、Tris饱和酚(pH8.0):氯仿:异戊醇混合液酚:氯仿:异戊醇按体积比25:24:1配制,现配现用。2、氯仿:异戊醇混合液氯仿:异戊醇按体积比24:1配制,现配现用。3、醋酸钠溶液 配制3 mol/L的醋酸钠溶液,调节pH值至5.2。4、TE缓冲液10 mmol/L Tris·HCl(pH 8.0),1 mmol/LEDTA(pH 8.0),配制完成后高压灭菌,4 ℃保存。【实验步骤】1、在待纯化的DNA溶液中加等体积的酚:氯仿:异戊醇混合液,然后在涡旋混匀器上充分混匀。2、将混合物12000 r/min离心10 min后,移取上层含DNA的水相到另一离心管中。如果在水相和有机相交界处有白色沉淀物,则需要重新抽提水相,直到两相交界处无明显沉淀物。3、向上层水相中加入等体积的氯仿:异戊醇(24:1)混合液,在涡旋混匀器上充分混匀后12000 r/min离心10 min。4、移取上层含DNA的水相到另一离心管中,加1/10体积的醋酸钠溶液,充分混匀,再向管中加入2.5倍体积的预冷无水乙醇,上下倒置混匀,于-20 ℃保存30 min。5、12000 r/min离心5 min,弃上清液;75%的乙醇12000 r/min离心洗涤5 min,弃上清液;用吸头将管壁残留的乙醇去除,室温干燥10-15 min(不要等DNA沉淀完全干燥,否则DNA不易溶解)。~ 1 / 2 ~6、在盛有干燥DNA的离心管中加入适量TE缓冲液,溶解后在-20 ℃以下长期保存。
沉淀DNA 样品能达到浓缩的目的,而且沉淀也会去除阻止许多酶反应的残留氯仿。
一、步骤
于最多体积450 μl 的DNA 样品中,加入1/10体积pH4.2的3 mol/L NaAc, 快速颠倒以混匀。
加入2倍体积95%乙醇或无水乙醇,充分混匀。
样品踩于冷环境中沉淀:-20℃ 过夜,或-70℃30 min, 或干冰中5 min 。
使用干冰进行乙醇沉淀
用锤子将干冰砸成粉末,再将管子插入粉末;或将干冰砸成小块,置于抗冻容器中,加入95% 乙醇捣成稀泥,插入管子。 注意:乙醇会洗去标签。
图一 离心之后离心管中分为两层
1:上县为水相,包含着DNA ,下层为有机相,包含蛋白质。通常存水相与有机相之间有一个中间层,可见一个白色带, 这是一些被抽提出来的蛋白质。在你吸取水相的时候,不要碰那个白色带。
高速离心样品15 – 30 min, 转速至少12000g, 如果没有冷冻离心机,将离心机置于4℃ 。
除去上清,上清可以倒入下水道中。
离心管倒置于纸巾上吸干。
预冷的70%乙醇洗涤沉淀。
按步骤6干燥或使用真空浓缩机。
用pH8.0 的TE (10mmol/L Tris· HCI, 0.1 mmol/L EDTA) 重悬DNA 。如果沉淀不能完全溶解,加入更多的TE, 将样品保存于4℃。
三、温馨提示
在处理大分子DNA (大于30 kb) 时要特别小心,由于DNA 样品不能抹荡,只能颠倒或转动混匀。去除表面的氯仿,代替用乙醇沉淀DNA 样品的是, DNA 溶液需要对大体积的冷TNE 溶液进行透析或用水饱和的乙醚抽提。
1.为什么用无水乙醇沉淀DNA?
用无水乙醇沉淀DNA,这是实验中最常用的沉淀DNA的方法。乙醇的优点是可以任意比和水相混溶,乙醇与核酸不会起任何化学反应,对DNA很安全,因此是理想的沉淀剂。
DNA溶液是DNA以水合状态稳定存在,当加入乙醇时,乙醇会夺去DNA周围的水分子,使DNA失水而易于聚合。一般实验中,是加2倍体积的无水乙醇与DNA相混合,其乙醇的最终含量占67%左右。因而也可改用95%乙醇来替代无水乙醇(因为无水乙醇的价格远远比95%乙醇昂贵)。但是加95%的乙醇使总体积增大,而DNA在溶液中有一定程度的溶解,因而DNA损失也增大,尤其用多次乙醇沉淀时,就会影响收得率。折中的做法是初次沉淀DNA时可用95%乙醇代替无水乙酵,最后的沉淀步骤要使用无水乙醇。也可以用0.6倍体积的异丙醇选择性沉淀DNA。一般在室温下放置15-30分钟即可。
2.在用乙醇沉淀DNA时,为什么一定要加NaAc或NaCl至最终浓度达0.1~0.25mol/L?
在pH为8左右的溶液中,DNA分子是带负电荷的,加一定浓度的NaAc或NaCl,使Na+中和DNA分子上的负电荷,减少DNA分子之间的同性电荷相斥力,易于互相聚合而形成DNA钠盐沉淀,当加入的盐溶液浓度太低时,只有部分DNA形成DNA钠盐而聚合,这样就造成DNA沉淀不完全,当加入的盐溶液浓度太高时,其效果也不好。在沉淀的DNA中,由于过多的盐杂质存在,影响DNA的酶切等反应,必须要进行洗涤或重沉淀。
2.乙醇可以吸附水分子(极性相同),使得溶液中相对的水分子减少,增大了DNA在水中的相对浓度.
3.附:乙醇沉淀DNA需要盐离子,用金属离子屏蔽DNA上磷酸的负电荷,降低DNA分子间的斥力,才能沉淀完全.
如果DNA的量很大,醋酸钠和氯化钠是不必要的.它们的作用就是增强沉淀,纯化极少量的DNA时,它们就起很大的作用了. 要使用什么样的盐沉淀,要看下一步做什么了.
其实沉淀用的乙醇都可以使用室温的, 分子克隆上就写到了, 我用的效果也的确如此. 很多抽提DNA,RNA的KIT的PROTOCOL上也是这么用的 但大家好象都习惯用预冷的了, 也没什么坏处. 阳离子的存在是为了中和DNA上磷酸基团的负电荷, 以便于其沉淀.
1、dna不溶于乙醇,
2、乙醇可以吸附水分子(极性相同),使得溶液中相对的水分子减少,增大了dna在水中的相对浓度,
3、乙醇沉淀dna需要盐离子,用金属离子屏蔽dna上磷酸的负电荷,降低dna分子间的斥力,才能沉淀完全。