DNA怎么提取?
就那植物来说吧!原理是一致的。方法不同。
1植物组织提取基因组DNA
一、材料
幼嫩叶子。
二、设备
移液器,冷冻高速离心机,台式高速离心机,水浴锅,陶瓷研钵,50ml离心管(有盖)及5ml和1.5ml离心管,弯成钩状的小玻棒。
三、试剂
1、提取缓冲液Ⅰ:100mmol/L
Tris·Cl,
pH8.0,
20mmol/L
EDTA,
500mmol/L
NaCl,
1.5%
SDS。
2、提取缓冲液Ⅱ:18.6g葡萄糖,6.9g二乙基二硫代碳酸钠,6.0gPVP,240ul巯基乙醇,加水至300ml。
3、80:4:16/氯仿:戊醇:乙醇
4、
RnaseA母液
5、其它试剂:液氮、异丙醇、TE缓冲液,无水乙醇、70%乙醇、3mol/L
NaAc。
四、操作步骤:
1.
在50ml离心管中加入20ml提取缓冲液Ⅰ,
60℃水浴预热。
2.
幼苗或叶子5-10g,
剪碎,
在研钵中加液氮磨成粉状后立即倒入预热的离心管中,
剧烈摇动混匀,
60℃水浴保温30-60分钟(时间长,DNA产量高),
不时摇动。
3.
加入20ml氯仿/戊醇/乙醇溶液,
颠倒混匀(需带手套,
防止损伤皮肤),室温下静置5-10分钟,
使水相和有机相分层(必要时可重新混匀)。
4.
室温下5000rpm离心5分钟。
5.
仔细移取上清液至另一50ml离心管,加入1倍体积异丙醇,混匀,室温放置片刻即出现絮状DNA沉淀。
6.
在1.5ml
eppendorf中加入1ml
TE。用钩状玻璃棒捞出DNA絮团,在干净吸水纸上吸干,转入含TE的离心管中,DNA很快溶解于TE。
7.
如DNA不形成絮状沉淀,则可用5000rpm离心5分钟,
再将沉淀移入TE管中。这样收集的沉淀,往往难溶解于TE,可在60℃水浴放置15分钟以上,以帮助溶解。
8.
将DNA溶液3000rpm离心5分钟,
上清液倒入干净的5ml离心管。
9.
加入5μl
RNaseA(10μg/μl),
37℃
10分钟,
除去RNA(RNA对DNA的操作、分析一般无影响,可省略该步骤)。
10.
加入1/10体积的3mol/L
NaAc及2×体积的冰乙醇,混匀,-20℃放置20分钟左右,DNA形成絮状沉淀。
11.
用玻棒捞出DNA沉淀,70%乙醇漂洗,再在干净吸水纸上吸干。
12.
将DNA重溶解于1ml
TE,
-20贮存。
13.
取2μl
DNA样品在0.7%
Agarose胶上电泳,
检测DNA的分子大小。同时取15μl稀释20倍,
测定OD260/OD280,
检测DNA含量及质量。
[注意]
5g样品可保证获得500μg
DNA,
足供RFLP、PCR等分析之用。
我是做动物的,没有提过植物的DNA,对β-巯基乙醇也只在提蛋白的时候用过。
百度知道里有这么一句:“用CTAB法提取某些易发生褐变物种的DNA时不加肯定会对细胞产生影响,但具体会有何影响则视具体物种,操作环境和具体方法的不同而定”。虽然百度知道的可信性有点...不过物种不同所以效果不同也的确是普遍存在的现象。
我做实验的感觉是,东西做出来是王道,现成的protocol只是参考。比如我自己提蛋白用的裂解液的配方是自己摸出来的,跟其他人和文献上都不一样。如果你们实验室这种提取方法提取出的DNA质量的确好,并且是可重复的,那就这么做好了。机理细节,也许就是物种特异性、氧化性不强,也有可能是你们用的这一批巯基乙醇质量一般,或者混入了其他东西。如果想要验证,可以再买另一个公司的试试,当然如果只focus在DNA上,并且现在已经很好了,就这么做下去也不妨。不是不求甚解,而是主次有别。
植物学门外汉,一家之言,仅供参考。祝实验顺利=)
百度知道有这么一句话:“用CTAB法提取的DNA时,不褐变有些品种易发生细胞会产生一定的影响,但它依赖于特定物种的具体影响,以及特定的操作环境不同的方法而定。
“虽然百度知道一点点......但不同物种的信誉是不同的,效果确实是一个普遍的现象。
我做实验的感觉是,事情做好才是王道,准备协议仅供参考。例如,我有使用自己的脱节,与人民和其他文献中不一样的提食谱裂解液的蛋白质。如果你的这个实验室提取方法提取的DNA的质量确实不错,是可重复的,那么这样的工作。该机制的细节,或许物种特异性,氧化性不强,它也有可能是一些一般性质量你巯基乙醇的使用,或与其他的东西混合。如果您想验证,可以尝试购买另一家公司,当然,如果仅仅着眼于DNA,现在已经很不错了,你也不妨继续这样做。不是一个肤浅的认识,但也有其他的小学和中学。
植物学门外汉,一家之言,仅供参考。我希望实验成功=)
第一种方法是测量260/280的比例,判断是否有蛋白质的污染。在260nm和280nm处测定DNA溶液的光吸收,A260与A280之比应在1.75-1.80之间。低于此值表明制备物中残留蛋白质成分较高或含有酚,高于此值表明有RNA的残留。
第二种方法是凝胶电泳分析,看有无断裂降解。
影响DNA提取质量的因素:
如果实验开始植物样品不经液氮处理,则提取液中的CTAB浓度需要提高到4%。
在大多数情况下,使用0.1%巯基乙醇,并不能完全抑制叶片中的氧化作用。但这种氧化作用不会影响限制性内切酶的活性。如果使用的巯基乙醇浓度高于0.1%,则会大大降低DNA提取的得率。
扩展资料:
DNA的提取方法:
一、酚抽提法:先用蛋酶K、SDS破碎细胞,消化蛋白,然后用酚和酚-氯萃取,高速离心后取上清,所得DNA大小为100-150kb
二、甲酰胺解聚法:破碎细胞同上,然后用高浓度甲酰胺解聚蛋白质与DNA的结合,再透析获得DNA可得DNA200kb左右。
三、玻璃棒缠绕法:用盐酸胍裂解细胞,将裂解物铺于乙醇上,然后用带钩或U型玻璃棒在界面轻搅,DNA沉淀液绕于玻棒。生成DNA约80kb。
四、异丙醇沉淀法:基本同1法,仅用二倍容积异丙醇替代乙醇,可去除小分子RNA(在异丙醇中可溶状态)
五、表面活性剂快速制备法:用Triton X-100A或NP40表面活性剂破碎细胞,然后用蛋白酶K或酚去除蛋白,乙醇沉淀或透析。
六、加热法快速制备:加热96℃-100℃,五分钟,然后离心后取上清,可用于PCR反应。
七、碱变性快速制备:先用NaOH作用20分钟,再加HCI中和,离心后取上清,含少量DNA。
参考资料来源:百度百科-DNA提取
CTAB
(hexadecyltrimethylammonium
bromide,十六烷基三甲基溴化铵),是一种阳离子去污剂,具有从低离子强度溶液中沉淀核酸与酸性多聚糖的特性。在高离子强度的溶液中(>0.7mol/L
NaCl),CTAB与蛋白质和多聚糖形成复合物,只是不能沉淀核酸.通过有机溶剂抽提,去除蛋白、多糖、酚类等杂质后加入乙醇沉淀即可使核酸分离出来。
注:CTAB溶液在低于15℃
时会形成沉淀析出,因此,在将其加入冰冷的植物材料之前必须预热,且离心时温度不要低于15℃。
一、CTAB提取缓冲液的经典配方:
Tris-HCl
(pH8.0)提供一个缓冲环境,防止核酸被破坏
EDTA螯合Mg2+或Mn2+离子,抑制DNase活性
NaCl
提供一个高盐环境,使DNP充分溶解,存在于液相中
CTAB溶解细胞膜,并结合核酸,使核酸便于分离
β-巯基乙醇是抗氧化剂,有效地防止酚氧化成醌,避免褐变,使酚容易去除。
二、CTAB提取缓冲液的改进配方:
(1)
PVP(聚乙烯吡咯烷酮)是酚的络合物,能与多酚形成一种不溶的络合物质,有效去除多酚,减少DNA中酚的污染同时它也能和多糖结合,有效去除多糖
(2)
蛋白质的去除:酚/氯仿抽提使用变性剂变性(SDS、异硫氰酸胍等)高盐洗涤蛋白酶处理核酸分离,纯化
(3)多糖的去除:高盐法:用乙醇沉淀时,在待沉淀溶液中加入1/2体积的5M
NaCl,高盐可溶解多糖。用多糖水解酶将多糖降解。在提取缓冲液中加一定量的氯苯(1/2体积),氯苯可以与多糖的羟基作用,从而去除多糖。用PEG8000代替乙醇沉淀DNA:在500
μL
DNA液中加入200μl
20%
PEG8000
(含1.2
M
NaCl),冰浴20min.核酸分离,纯化
(4)
多酚的去除:在抽提液中加入防止酚类氧化的试剂:β-巯基乙醇、抗坏血酸、半胱氨酸、二硫苏糖醇等加入易与酚类结合的试剂:如PVP(聚乙烯吡咯酮),PEG(聚乙二醇),它们与酚类有较强的亲和力,可防止酚类与DNA的结合
(5)
盐离子的去除:70%的乙醇洗涤核酸吸附,沉淀和溶解使用合适的吸附材料吸附核酸,其它的杂质均被洗掉,达到纯化DNA的目的另一种方式加入1/10体积的NaAc(pH5.2,3M),用预冷的乙醇或异丙醇沉淀RNA吸附或沉淀后应用70%的乙醇洗涤,以除去盐离子等若长期储存建议使用TE缓冲液溶解TE中的EDTA能螯合Mg2+或Mn2+离子,抑制DNasepH值为8.0,可防止DNA发生酸解。
三、基因组DNA提取常见问题
DNA中含有蛋白、多糖、多酚类杂质。DNA在溶解前,有酒精残留,酒精抑制后续酶解反应,DNA中残留有金属离子,有RNA的存留。对策:重新纯化DNA,去除蛋白、多糖、多酚等杂质,重新沉淀DNA,让酒精充分挥发,增加70%乙醇洗涤的次数(2-3次),加入RNase降解RNA。
(1)DNA样品不纯,抑制后续酶解和PCR反应。DNA提取常见问题:材料不新鲜或反复冻融、未很好抑制内源核酸酶的活性、提取过程操作过于剧烈,DNA被机械打断,外源核酸酶污染反复冻融。尽量取新鲜材料,低温保存材料避免反复冻融,液氮研磨或匀浆组织后,应在解冻前加入裂解缓冲液。在提取内源核酸酶含量丰富的材料的DNA时,可增加裂解液中螯合剂的含量,细胞裂解后的后续操作应尽量轻柔。所有试剂用无菌水配制,耗材经高温灭菌。将DNA分装保存于缓冲液中,避免反复冻融。
(2)DNA降解,DNA提取常见问题。实验材料不佳或量少,破壁或裂解不充分,吸附或沉淀不完全,洗涤时DNA丢失。尽量选用新鲜(幼嫩)的材料,动植物要匀浆研磨充分G+菌,酵母裂解前先用生物酶或机械方式破壁。高温裂解时,时间适当延长(对于动物细胞,细菌可增加PK的用量)。增加吸附的时间、或低温沉淀小心操作。
细胞膜
质体
线粒体
叶绿体
剩下细胞核了。就是DNA了。
通常采用机械研磨的方法破碎植物的组织和细胞,由于植物细胞匀浆含有多种酶类(尤其是氧化酶类)对DNA的抽提产生不利的影响,在抽提缓冲液中需加入抗氧化剂或强还原剂(如巯基乙醇)以降低这些酶类的活性。在液氮中研磨,材料易于破碎,并减少研磨过程中各种酶类的作用。
十二烷基肌酸钠(sarkosyl)、十六烷基三甲基溴化铵(hexadyltrimethyl
ammomum
bromide,简称为CTAB)、十二烷基硫酸钠(sodium
dodecyl
sulfate,简称SDS)等离子型表面活性剂,能溶解细胞膜和核膜蛋白,使核蛋白解聚,从而使DNA得以游离出来。再加入苯酚和氯仿等有机溶剂,能使蛋白质变性,并使抽提液分相,因核酸(DNA、RNA)水溶性很强,经离心后即可从抽提液中除去细胞碎片和大部分蛋白质。上清液中加入无水乙醇使DNA沉淀,沉淀DNA溶于TE溶液中,即得植物总DNA溶液