提取RNA时,最后为什么要用75%乙醇洗涤
因为在70%乙醇里DNA是不溶的,而盐离子却可溶。沉淀DNA时总会加入高浓度的盐,加盐的目的是破坏能使蛋白质保持稳定的两个因素,使蛋白和DNA分离并沉淀下来。而此时盐的阳离子会与DNA结合形成DNA-阳离子盐溶于溶液中,再用无水乙醇可以将DNA-阳离子盐沉淀下来,但这样DNA中就含有较多的盐离子,这会影响下一步实验的进行,所以要用70%乙醇洗涤DNA沉淀。
乙醇能够消除RNA的水化层,使带负电荷的磷酸基团暴露出来.Na+之类的平衡离子能够与这些带电基团结合,在沉淀形成部位降低多核苷酸链之间的排斥作用.因此只有在阳离子的量足以中和暴露的磷酸残基的电荷时才会发生乙醇沉淀.
异丙醇是可以沉淀DNA的。后续或者前面应该有分离掉DNA的方法,因为DNA假如你是真核的话,通常是染色体的形式出现,分子量很大的,很容易沉淀下来,但是RNA的分子量就比较小,从而产生分离。
异丙醇可以沉淀RNA和蛋白质,其实。。。。假如很本质的看,都是差不多的,就是抢水。但是其还会让蛋白质变性,RNA什么的,不会,假如你不是研究什么二级结构的话。
异丙醇的作用是通过-OH的疏水作用使得RNA 或者DNA链中的亲水基团受到保护,等同于沉淀,但是这是个反应时发生在水相中,
氯仿的作用有多个方面,一是作为有机溶剂变性蛋白,使其沉淀并通过离心除去,同时也通过变性作用抑制RNase活性;二是RNA提取试剂中通常含有苯酚(Trizol主要成分就是苯酚,很多自己配试剂提的方法也用苯酚,抽提蛋白时也会用到苯酚),苯酚微溶于水,抽提烷之后水相里有痕量的酚,如果不除去会损伤核酸,需要通过氯仿把水相里参与的苯酚抽提掉;三是作为溶剂抽提样品中的一些脂溶性杂质(比如油脂、脂溶性色素等),起到一定除杂作用。
通常氯仿里面会加少量异戊醇(1/25),减少蛋白质在变性过程中由于震荡产生的泡沫,影响后续操作,不过个人经验感觉加不加没什么太大区别,也许是我的样品里蛋白不多吧
异丙醇是沉淀核酸用的,作用和乙醇一样。只不过用量少一点,0.6V~1V就够了,不像乙醇沉淀需要至少2V,一般需要2.5倍体积。在水相很多,离心管容积有限,加不下太多乙醇的时候一般会用异丙醇沉淀。不过感觉效果不如乙醇,偶尔会有沉淀不出来东西的时候。
1、你加的乙醇浓度不对,低于75%,所以RNA溶解了;
2、你加的乙醇里含有RNA酶,所以RNA降解了。应该是你加的75%的药用酒精中25%的水里混有RNA酶。所以提RNA不能用药用酒精。
提RNA时正确的75%乙醇配法应该是:用100%乙醇+无RNA酶水配成。
2倍无水乙醇的是用来沉淀DNA的,也可以用2/3体积的异丙醇来沉淀DNA,NaAc则是提供钠盐环境,促进DNA沉淀,效果明显。
提取DNA时加入NaAc pH5.2和2倍体积的无水乙醇的作用是什么,主要是因为DNA在一定的盐浓度条件下才能更好地沉淀下来.如果你不急用其实可以沉淀过夜的。这样就可以少了75%乙醇洗涤的那一步,那一步主要是洗去多余的盐。急用的话就加吧,但是一定要用75%乙醇洗涤。